과르뉴클레오티드의 5' 끝에서부터 시작합니다. 3'-하이드록시기를 보호하며, 일반적으로 디메톡시 트리부틸(DMT) 같은 보호기단을 사용합니다. 다음 단계를 위해 5'단을 활성화하려면 일반적으로 S-황대인산염기단이 있는 아인아마이드 유도체를 사용합니다.
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5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-S-acetyl-3'-thiothymidine